Bà Đoàn Quý Phi mất ngày 17 tháng 5 năm Tân Sửu, tức ngày 12/7/1661, hưởng thọ 60 tuổi. Thể theo nguyện vọng lúc sinh thời, Chúa Hiền Nguyễn Phước Tần đã đưa mẫu thân về an giấc nghìn thu tại quê cha đất tổ Duy Xuyên. Lăng mộ bà tọa lạc ở gò Cốc Hùng, thuộc làng Chiêm Sơn, cách lăng mộ nhạc mẫu hoàng hậu Nguyễn Thị Giai (tức Mạc Thị Giai) khoảng hơn 500m; cách lăng mộ của con gái – công chúa Nguyễn Phước Ngọc Dung khoảng 700m.

Sau khi bà Đoàn Quý Phi qua đời, 83 năm sau, vào năm 1744, khi Đàng Ngoài Chúa Trịnh xưng vương thì Đàng Trong Nguyễn Phước Khoát cũng xưng Võ Vương; tự coi Đàng Trong như một nước độc lập. Bà được Chúa truy hiệu là Trinh thục từ tĩnh Huệ phi, về sau thêm hai chữ Mẫn duệ thành Trinh thục từ tĩnh Mẫn duệ Huệ kính Hiếu Chiêu hoàng hậu; được khắc tên lên kim sách (sách bằng vàng) của hoàng tộc; được thờ phụng với Hiếu Chiêu hoàng đế (tức Chúa Thượng Nguyễn Phước Lan) vào gian thứ nhất bên phải Thái miếu ở Huế.Năm 1806, vua Gia Long đặt tên cho lăng mộ của Hiếu Chiêu hoàng hậu là lăng Vĩnh Diên và cho trùng tu lần thứ nhất. Năm 1814, trùng tu lần thứ hai. Năm 1824, vua Minh Mạng giao tổng đốc Quảng Nam xây dựng giữa lăng Vĩnh Diên và lăng Vĩnh Diễn một ngôi chùa để thờ cúng các hoàng hậu, hoàng tử, công chúa gọi là chùa Vĩnh An (dân gian quen gọi Chùa Vua hay Chùa Ngự) và cắt binh coi giữ hai lăng đến 50 người.

Lăng mộ bà Đoàn Quý Phi – Hiếu Chiêu hoàng hậu tọa lạc tại gò Cốc Hùng trên mảnh đất diện tích rộng 2.862m2. Chính diện lăng xây về hướng Đông Nam giáp với bàu Kho, phía sau nối với nổng Cụp. Trước lăng còn có dòng kênh rộng sâu, vào dịp cúng giỗ Bà, vua chúa, quan lại thường đến bằng đường thủy này. Đây là nơi hội đủ các yếu tố về mặt phong thủy vừa kỳ bí, thâm nghiêm vừa có khoảng không gian khoáng đạt của long mạch.

Lăng mộ Bà được xây theo mô thức cung đình, ở giữa là phần mộ chí hình khối chữ nhật, các họa tiết trang trí đơn giản. Chung quanh khu lăng có hai lớp bảo thành bảo vệ; hai cổng của hai thành, ba bình phong, một mộ chí ở giữa. Bảo thành ngoại xây bằng gạch, đá bazan có kích thước lớn nhỏ không đều, lớp vữa liên kết dày (vữa truyền thống) gồm nhựa cây bời lời, mật đường, nhựa dây cơm nguội và vôi. Mũ thành xây gạch trên đỉnh tô vôi, hai trụ cổng vào hướng Đông Nam, trụ cao 2,60m, có cạnh 1,80m, cổng rộng 3,53m. Bảo thành ngoại cao 2,60m, bôn góc có bốn trụ góc. Bình phong tiền cao 2,70m, rộng 1,54m, dài 4,50m, chân xây bằng đá theo dạng chân quỳ, phần trên xây gạch tô vôi, hai mặt trước sau đắp nổi và tô vẽ hình long mã, diềm bình phong vẽ hoa cúc nét trắng trên nền đen. Bình phong hậu bảo thành ngoại cao 3,10m, dài 7,60m, dày 1,50m, được xây đá tô vôi, đắp nổi trên nền gờ đá, hai chim phượng, con trống bên trái dang cánh miệng ngậm kiếm, con mái bên trái miệng ngậm cuốn thư, đế xây gạch dạng chân quỳ. Bảo thành nội cao 1,50m, hai trụ cổng vuông mỗi cạnh 1m, cao 1,83m, cổng rộng 2,32m, bốn góc có bốn trụ. Bình phong hậu bảo thành nội dài 4,72m, cao 2,20m, dày 0,85m, đắp nổi cặp rồng vờn trong mây. Trong cùng là phần mộ chí và bàn hương án. Bàn hương án dài 2,34m, rộng 1,18m, cao 0,81m. Mộ chí hình hộp chữ nhật xây gạch cao 3,30 m, đế giật cấp có nhiều gờ. Thân mộ dài 2,70m, rộng1,73m, nóc mộ tô vôi võng giữa dạng thuyền.Hằng năm, ngoài ngày giỗ, lăng mộ Hiếu Chiêu hoàng hậu Đoàn Quý Phi được tổ chức tế lễ hai lần vào các dịp Thanh minh và Đông chí. Thời Chúa Nguyễn, chủ tế là Trấn thủ dinh Quảng Nam, từ thời các vua đổi dinh thành tỉnh nên chủ tế là Tổng đốc  Quảng Nam và phụ lễ là Tri phủ Duy Xuyên. Lễ vật được chuẩn bị và mang theo, khi từ kinh, khi từ tỉnh đường. Đoàn quan lại bái yết lăng hoàng hậu, khi còn cách lăng mộ 100mét thì phải xuống kiệu nghiêng lọng và đi bộ trong tiếng nhã nhạc và tiếng chuông, trống uy nghi.Dưới thời nhà Nguyễn, mỗi lần tuần du Quảng Nam, các chúa và các vua đều cung yết lăng mộ hai hoàng hậu và công chúa Ngọc Dung nhà Nguyễn tại Chiêm Sơn. Để tưởng nhớ công đức của Hiếu Chiêu hoàng hậu, năm thứ 18 đời vua Thành Thái (1905), nhà vua ban chiếu chỉ cho tộc Đoàn làng Chiêm Sơn một ngàn lạng bạc để dựng nhà thờ Hiếu Chiêu hoàng hậu tại thôn Đông Khương, xã Điện Châu  tức Đông Yên Châu, thuộc huyện Điện Bàn và Đông Yên Đông thuộc huyện Duy Xuyên. Hiện nay nhà thờ này nằm trên đất Đông Yên Châu thuộc xã Điện Phương, huyện Điện Bàn.

Ngày 2/8/2011 Lăng mộ bà Đoàn Quý Phi được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch ban hành Quyết định số 2368/QĐ/BVHTTDL xếp hạng di tích cấp quốc gia.Ngày nay, từ ngã ba Nam Phước đi thẳng đến cụp Chiêm Sơn, rẽ trái sang hướng Tây Nam băng qua cao tốc Đà Nẵng – Quảng Ngãi chừng 1km là đến lăng mộ Bà, rất tiện lợi cho phát huy các hoạt động du lịch. Lăng mộ của Hiếu Chiêu hoàng hậu Đoàn Quí Phi cùng với các lăng mộ của Hiếu Văn hoàng hậu Mạc Thị Giai, công chúa Ngọc Dung, Thống binh thái phó Mạc Cảnh Huống, Tổng trấn Quảng Nam Nguyễn Phúc Kỳ là những lăng mộ của thời các chúa Nguyễn còn lại trên đất Quảng Nam đã may mắn thoát khỏi sự tàn phá của nhà Tây Sơn và sau này là các cuộc chiến tranh, trở thành những di tích lịch sử quí hiếm.

Hiếu Chiêu hoàng hậu Đoàn Thị Ngọc được nhân dân trong nghề dâu tằm tôn vinh là Bà Chúa tàm tang; không chỉ là biểu tượng của tàm tang xứ Quảng mà còn là biểu tượng của lòng nhân từ trong sáng, đức độ thủy chung, đảm đang, trung hiếu, yêu thương, gắn bó máu thịt với nhân dân.